En Nochebuena, un virus es intercambiado en Rusia. La persona encargada de realizar el intercambio, Maya, viaja a Japón para liberarlo. El alias; "Bloody Monday". La agencia de inteligencia, sobresaturada por la situación, busca a Takagi Fujimaru, estudiante de escuela superior y uno de los mejores piratas informáticos del mundo, para que los ayude a controlar dicha amenaza y poder salvar al mundo de un ataque terrorista a escala mundial.