Muchos años han pasado desde que la humanidad acabase al borde de la extinción tras la aparición de las formas de vida desconocidas llamadas Gadoll. Los humanos restantes han sobrevivido en una fortaleza móvil subterránea a 3000 metros de la superficie, conocida como Deca-dence, donde se protegen de los Gadoll.
Los ciudadanos de Deca-dence se dividen en dos categorías: los Gears o guerreros que enfrentan a los Gadolls a diario, y los Tankers, quienes no poseen habilidades de combate. Natsume es una chica Tanker que sueña con convertirse en Gear y quien conoce a Kaburagi, un reparador de armaduras de Deca-dence.