El escenario es en medio del período Muromachi, durante la década de 1470 después de las guerras de Onin y Bunmei. La historia comienza en la península de Noto del distrito de Hokuriku. El personaje principal, Hyakkimaru, que carece de hasta 48 partes del cuerpo, obtiene un cuerpo falso y elimina 48 monstruos que se hicieron de su cuerpo para recuperar las partes del cuerpo que le faltan.